Phát hành kế tiếp cho khối doanh nghiệp của Windows là Windows NT (từ NT là viết tắt của cụm từ new technology), phiên bản chính thức được phát hành vào năm 1993. Mặc dù vậy NT không phải là một nâng cấp đơn giản cho WFW mà thay vì đó nó là một hệ điều hành 32-bit đúng nghĩa được thiết kế cho các tổ chức có kết nối mạng. (Các phiên bản khách hàng vẫn được duy trì ở các hệ điều hành 16-bit).

Hình 7: Windows NT – phiên bản Windows 32-bit đầu tiên dành cho sử dụng trong khối doanh nghiệp

Windows NT cũng là một thành viên trong hợp tác phát triển hệ điều hành OS/2 của Microsoft với IBM. Tuy nhiên khi mối quan hệ giữa IBM và Microsoft bị đổ vỡ, IBM vẫn tiếp tục với OS/2, trong khi đó Microsoft đã thay đổi tên phiên bản của OS/2 thành Windows NT.
Phục vụ cho khách hàng doanh nghiệp, Windows NT đã có hai phiên bản: Workstation và Server. NT Workstation được dành cho các PC riêng rẽ trên mạng công ty, còn NT Server có nhiệm vụ máy chủ cho tất cả các PC được kết nối với nhau.
Với những khả năng cải thiện về công nghệ kết nối mạng, NT đã trở thành một hệ điều hành chủ đạo cho các máy chủ và máy trạm doanh nghiệp trên toàn thế giới. Nó cũng là cơ sở cho hệ điều hành Windows XP, hệ điều hành sát nhập hai luồng Windows thành một hệ điều hành chung vào năm 2001.